מחנות צה"ל מהווים גורם בעל משקל רב בנושא זיהומי דלק ושמן באגן הכינרת. הפעילות המזהמת בדלקים ושמנים כוללת תחנות תדלוק, מיכלי אחסון דלקים ושמנים, משטחי שטיפת רכב, רמפות טיפולים ברק"מ, גנרטורים, נשקיות וכו'.
הליקויים העיקריים שאותרו במחנות צה"ל:
- משטחי שטיפת רכבים ללא ניקוז מסודר וללא טיפול בתשטיפים (דלקים, שמנים ונוזלי קרור).
- רמפות טיפולים ברק"מ ובטנקים ללא איסוף מסודר של שמן משומש, סביבה מזוהמת בשמנים ודלקים.
- מיכלי דלק (סולר ובנזין) ומיכלי שמנים ללא מאצרות, או עם מאצרות לא אטומות ולא שלמות.
- מלוי עודף של מיכלי דלק וגלישות של כמויות דלק גדולות אל הסביבה בזמן מילוי מיכלי האיחסון.
- תחנות תדלוק עם משטחים לא אטומים ולא מנוקזים, ללא מפריד דלק, ללא קירוי משטחי תדלוק וכדו'.
- זיהום מתמשך רב שנים של מי התהום בדלק במחנה פצ"ן – מצפ"פ.
- "פינות שמנים" (משטחי איחסון חביות שמן) ללא אמצעים נאותים לניקוז וקליטה של דליפות.
- מיכלי דלק תת-קרקעיים ללא בקרת איטום (בתחנות תדלוק, טרמויאלים, גנרטורים).
- משטחי חדרי גנרטורים ללא ניקוז וקליטה מסודרת של דליפות.
- זיהומי שמן באזורי נשקיות ונקודות ניקוי כלי נשק.
- קרקעות מזוהמות בשמנים ודלקים.
דליפת סולר, שנמשכה כנראה שנים רבות במחנה פצ"ן (סעיף 6 לעיל), גרמה לזיהום מעיינות נחל ראש פינה ולהפסקת השימוש בהם כמקור מי שתייה לתושבי ראש פינה (שהרגישו לפתע טעם סולר במים).
הלחץ שהופעל על צה"ל בנושא שמירת איכות הסביבה ודו"ח מבקר המדינה בנושא איכות הסביבה בצה"ל שפורסם ב- 2004 הביאו לשינוי גישה בצה"ל בנושא איכות הסביבה בכלל ומניעת זיהום מדלקים בפרט והדבר ניכר בשטח.
בחלק מתחנות התדלוק שודרגו והוחלפו מיכלי הדלק. חלק מהמחנות נסגר. הותקנו מאצרות תקניות למיכלי איחסון דלק. הוכנה תוכנית כללית רב שנתית לטפול במפגעים לפי סדרי עדיפות. טופלו חלק מהקרקעות המזוהמות. מונו קצינים אחראים לאיכות הסביבה ביחידות השונות. התקיימו כנסים וימי עיון בנושא איכות הסביבה למפקדים, קציני חימוש, נגדים רס"פים ועוד. הדרך לתיקון מלא של המצב עדיין ארוכה, אבל אפשר כבר להבחין בשיפור מסויים.