פעילויות הליבה של האיגוד מתבצעת באמצעות 4 מחלקות
- מחלקת ניהול ותפעול חופים–המחלקה עוסקת בניהול ותפעול שוטף של חניוני הנופש של איגוד ערים כינרת וחופי הכינרת הפתוחים , אשר בתחום השיפוט של איגוד ערים כינרת. המחלקה אחראית למתן שירותים רבים ומגוונים בחופים כגון: שירותי הצלה ועזרה ראשונה, שירותי ניקיון ופינוי פסולת, שירותי אבטחה, תחזוקה שוטפת, ניהול ותפעול שוטפים במשך כל השנה. דגש רב ניתן על נושאי הניקיון הטיפול בצמחיה ובעצים השונים ברחבי החופים, מתן שירותי אבטחה בשיתוף הדוק עם משטרת ישראל, טיפול בתחזוקת המבנים והמתקנים השונים בחוף לרבות מערכות תשתית שונות כמו חשמל, כריזה, מים, ביוב והמערכות האוטומטיות שבחניוני החופים. המחלקה אחראית על חופי הרחצה המוכרזים שבחניוני הנופש של האיגוד וע4ל פעילותן בהתאם לנהלי משרד הפני למען ביטחון המתרחצים.
- מחלקת תכנון והנדסה–המחלקה מופקדת על קידום פרויקטים החל משלב התכנון ועד שלב הביצוע. במחלקה מקדמים הליכי תכנון ברמות שונות תמ"אות ותבע"ות לחופים השונים ולשביל סובב כינרת, כמו גם שינויים נקודתיים בתכניות בנין ערים לחופי הכינרת ועוסקת גם בתכנון המפורט והביצוע של שיקום ושידרוג החופים. המחלקה מספקת תמיכה וסיוע הנדסי שוטף ולפי הצורך, עוסקת בשיפוץ מבנים ומתקנים, תחזוקת תחנות שאיבה לביוב, מערכות מים, תשתיות חשמל, תקשורת ועוד. המחלקה מקדמת את מכרזי הביצוע עבור פרויקטי התשתיות השונים של האיגוד, מבצעת את תפקידי האיגוד כרשות תימרור מקומית, בודקת תכניות מגורמי חוץ למיזמים תיירותיים בתחום האיגוד ונותנת חוו"ד תכנוניות לפי דרישה עבור הועדות המקומיות והמחוזיות.
- מחלקת פיקוח ואכיפה–המחלקה עוסקת בתחומי פיקוח ואכיפה משולבים: שמירת הסביבה החופית, פיקוח ימי ופיקוח יבשתי על פי רשימת חיקוקים המופיעה בתוספת השנייה לחוק הסדרת הטיפול בחופי הכינרת.המחלקה מבצעת בקרה ורגולציה על מפעילים חיצוניים אשר מתפעלים חופים עבור איגוד ערים כינרת, מרכזת את הטיפול, הפיקוח והבקרה על קיום ארועים במרחב החופים. עובדת בשיתוף פעולה מלא עם גורמי אכיפה מרחביים לרבות עבודה שוטפת עם משטרת ישראל במסגרת שיטור משולב בחופים.
- מחלקת חינוך קהילה והסברה- המחלקה עוסקת בשימור והעלאת המודעות לחשיבות וייחודיות הכינרת תוך יצירת שינוי התנהגותי המבטא מודעות סביבתית. המחלקה מפעילה פרויקטים חינוכיים שונים, מייצרת פעילויות חינוכיות בשביל סובב כינרת ושיתופי פעולה מול קהילות סובב כינרת, פועלת רבות באמצעות צוותי הסברה להפצת המסרים הסביבתיים של שמירה על ניקיון הכינרת וחופיה, שמירה על השקט בחופים, מיחזור וקיימות תוך מתן שירותים לציבור כגון: קו סובב כינרת, אתר אינטרנט, פייסבוק ועוד.