למרות ההתלבטות ברשות המים ובחברת מקורות באשר לפתיחת סכר דגניה, עדיין קיים סיכוי לפתיחתו, זאת במידה וכמות המשקעים תגיע לרמה שתצריך זאת. ברשות ניקוז ונחלים כינרת ומשרד החקלאות, חישבו את הסיכון המחמיר והחלו בהקמת סוללת הגנה לאורך 2 ק"מ במורד הירדן הדרומי, בצדה המזרחי של המושבה מנחמיה, הסוללה תיצור הגנה מפני הצפות בשטחים החקלאיים וחלק מהמבנים הנמוכים של המושבה. עלות הפרויקט כ- 1.5 מיליון שקלים.
לפתיחת סכר דגניה השלכות רבות על מקטע מורד הירדן ובעיקר על השטחים החקלאיים הסמוכים לו. מבדיקה שנערכה על ידי רשות ניקוז ונחלים כינרת עולה, כי במידה וסכר דגניה יפתח, ספיקת המים שתזרום במורד הירדן יכולה להגיע למקסימום כ- 150 מטר קוב לשנייה, מצב העלול לגרום להצפות נרחבות, בחלק מהשטחים החקלאיים המערביים של מנחמיה ובאזור ההרחבה העתידי.
לכן הוחלט לנקוט בכמה צעדים להבטחת מניעת ההצפות: הקמת סוללה מעפר מהודק בגובה שבין 1.5 ל- 2.5 מטרים, שתגן על שטחי החקלאות והבינוי במנחמיה והנחת מעבירי מים ושסתומים אל-חוזרים (קלאפות) בקוטר 1.25 מטר, שיאפשרו ניקוז סדיר ומהיר של השטחים במקרה שיוצפו.
רשות ניקוז ונחלים כינרת ביצעה בשנים האחרונות עבודות עפר נרחבות, בהשקעה כוללת של מעל 20 מיליון שקלים, להתאמת חתך הזרימה של הנחל לקליטת הזרימה מהכינרת במקרה של פתיחת סכר דגניה. כמו כן, בוצעה הגנה מפני הצפות של הנחל על מתקן תחנת הממסר של חברת החשמל הנמצאת בסמיכות רבה לירדן. לצורך הגנה על התחנה הוקמו סוללות עפר המקיפות את המתקן מצפון, דרום ומצדו המזרחי הצמוד לירדן.
סכר דגניה תוכנן והוקם בתחילת שנות ה-30 של המאה הקודמת, על ידי פנחס רוטנברג וממוקם בקצה הדרומי של הכינרת, כחלק ממערכת סכרים של תחנת הכוח ההידרואלקטרית בנהריים. בהמשך להרס התחנה בנהריים במלחמת העצמאות והקמת המוביל הארצי, השתנה ייעוד סכר דגניה לוויסות ושליטה בכמות יציאת המים מהאגם הלאומי לנהר הירדן. הפעם האחרונה בו נפתח הסכר היה בשנת 1992.