הכינרת היא מערכת אקולוגית מורכבת ביותר, מארג המזון במערכת זו כולל:
אצות (פיטופלנקטון) – הניזונות מחומרי הזנה שונים (נוטריינטים) המצויים במים ומתרבים בתהליכי פוטוסינטזה.
בעלי חיים ימיים מקרוסקופיים (זואופלנקטון) – סרטנים מיקרוסקופיים הניזונים מאכילת מיקרו אצות, חיידקים ויצורים זעירים אחרים.
דגים – הניזונים מבעלי חיים זעירים ומאצות.
עופות – הניזונים מדגים.
שיווי משקל נכון בין המרכיבים של מארג המזון גורם ליציבות המערכת ושומר על איכות המים. הפרת האיזון בין המרכיבים עלולה לגרום לפריחה בלתי מבוקרת של אצות ולפגיעה קשה באיכות המים. "המעבדה לחקר הכינרת: חקר ימים ואגמים לישראל", היא הגורם המקצועי העוקב אחר התהליכים המתרחשים במערכת זו ומבצע ניטור שוטף של מרכיביה השונים.
מדידת כמויות המים בנחלים נערכת בידי השירות ההידרולוגי של רשות המים. בדיקות המרכיבים הקובעים את איכות המים נעשות בידי חברת "מקורות" באגן ההיקוות ובידי המעבדה לחקר הכינרת בכינרת עצמה. כל הנתונים מרוכזים בידי רשות המים ומשמשים, בין היתר, בסיס לקבלת החלטות תפעוליות. חלק מהמדידות והבדיקות נעשות באופן רציף ומשודרות למרכז הבקרה.
בשנת 1994 החלו ניכרים סימנים של חוסר יציבות במערכת האקולוגית. מגוון מיני האצות השתנה והחלו להופיע אצות כחוליות שחלקן מפרישות רעלנים. הדגה בכינרת מהווה, כאמור, חלק מהמערכת האקולוגית וגם מקור מחיה ופרנסה לדייגי הכינרת. מצב זה מחייב ניהול ממשק דיג מושכל. ועדה משותפת למשרד החקלאות (אגף הדיג) ולרשות המים, בה חברים גם נציגים של המעבדה לחקר הכינרת ודייגי הכינרת, פועלת כגוף מייעץ למנהל רשות המים בעניין זה. ממשק הדיג בכינרת כולל אכלוס שנתי מכוון של מיני דגים (אמנון הגליל, בורח, כסיף) ופיקוח על דיג לא חוקי.
מתוך הספר: נחלים ומים בגליל העליון, איכות מקורות המים:עורקי ההזנה של הכינרת, פנחס גרין