רפתות
באגן היקוות הכינרת קיימות כ-20 רפתות קיבוציות וכ – 125 רפתות מושביות המאכלסות כ – 15,000 חולבות. שפכי הרפתות מכילים ריכוזים גבוהים מאוד של חומר אורגני, תרכובות זרחן ותרכובות חנקן ומהווים גורם סיכון משמעותי מאוד לכינרת.
תוכנית "הרפורמה במשק החלב" – ששותפים לה משרדי החקלאות, האוצר ואיכות הסביבה – גרמה לשיפור ניכר בתחום הטיפול בשפכי הרפתות. חלק מהרפתות הקיבוציות הועברו אל מחוץ לאגן הכינרת במסגרת איחודן עם רפתות אחרות. ברפתות המושביות יש חצרות פתוחות (שאינן מקורות) שבהן רובצות הפרות. הפתרון למניעת זרימה של תשטיפי זבל מחצרות אלה הוא קרוי מלא של החצרות והזרמת מי הגשם באמצעות מזחלות ומרזבים ישירות אל מערכת הניקוז האזורית, ללא מעבר חופשי בחצרות. בחלק מהרפתות (קיבוציות ומושביות) ננקטות פעולות זמניות מיוחדות לפני החורף, שנועדו למנוע זרימת שפכים ותשטיפים מהרפת לסביבה כתוצאה מירידת הגשמים. ההסדרה הסביבתית ברפתות הקיבוציות כללה: מירזוב הגגות והזרמת מי הגשם אל מחוץ לתחום הרפת, הפרדת מוצקים, סילוק הזבל וטיפול בשפכי מכוני החליבה.
בקר במרעה
בשטחי המרעה שבתחום אגן היקוות הכינרת מצויים כ – 30,000 ראשי בקר המפוזרים על פני כ – 800,000 דונם של שטחי מרעה. חלק מהבקר נמצא בתקופות שונות בקרבת הנחלים ובתוכם. בחלק מן הזמן שוהה הבקר במכלאות.
בדיקות שנערכו בעבר למי הנחלים במעלה אזור רעיית הבקר ובמורדו וכן לתשטיפים ממכלאות בקר במהלך אירועי הגשם, הצביעו על עומסי זיהום גבוהים הנגרמים על ידי הבקר. השפעת רעיית הבקר בשטחים המרוחקים מהנחלים ו/או בעונת האביב והקיץ על זיהום בנחלים עדיין לא נבדקה די הצורך.
ועדה בינמשרדית העוסקת בנושא מיזעור הזיהום משטחי מרעה הבקר גיבשה הנחיות סביבתיות בנושא גידול הבקר שמימושן עשוי להקטין את עומס הזיהום ממקור זה. ההנחיות הופצו בין מגדלי הבקר באגן הכינרת. מימושן המלא דורש תקציבים ממלכתיים.
בריכות דגים
בשנים האחרונות קיימת מגמה של צמצום בריכות הדגים. שטח בריכות הדגים עומד כיום על כ-6,000 דונם, לעומת כ-16,000 דונם לפני כ- 20 שנה. רוב המדגים מבוססים על מחזור מים- סיחרור מי המדגה במעגל סגור.
פורלים
באגן ההיקוות פועלות ארבע חוות פורלים- דן, דפנה, שיאון ("דג על הדן"), ועמיר. גידול הפורלים מבוסס על זרימה רציפה של מים המוטים מהנחל דרך החווה. בחוות דן, דפנה ושיאון מוזרמים המים לאחר המעבר בחוות אל הנחלים דן ושניר, לאחר סינון. בחוות עמיר- חווה קטנה עם כמות פורלים לא משמעותית מבחינת תרומת מזהמים לכינרת- ממוחזרים המים לשימוש בבריכות דגים.
ניטור איכות המים ביציאה מבריכות הפורלים בגליל העליון מתבצע החל משנת 1994 במימון משותף של נציבות המים ומגדלי הפורלים במגמה להעריך את כמות המזהמים הנפלטת מהן אל הירדן והכינרת ולנסות לגרום למזעורה.
ניטור הכינרת ואגן ההיקוות הכרחי לצורך תפעולה הנכון של הכינרת כמקור לאספקת מים. החשש הקיים להתפרצות אצות כחוליות בכינרת כתוצאה מתוספת זרחן מאגן ההיקוות (וריכוזי החנקן הנמוכים באגם) מחייב מאמץ מיוחד להקטנת כמויות הזרחן הנפלטות מבריכות הפורלים.
לולים
הלולים, לפי הנחיות המשרד להגנת הסביבה, הינם מבנים סגורים, ולכן בתפעול השוטף אינם מהווים גורם זיהום. סכנת הזיהום קיימת בסופי מדגרים (בממוצע אחת לחודשיים)- בהם מתבצע ניקוי הלולים. יש צורך בפיקוח על פינוי הזבל לאתרים מורשים, ועל ניקיון הלולים בצורה שתמנע הגעת מים מזוהמים אל מקורות המים.
סכנת זיהום נוספת קיימת בעת מגיפות- כמו מחלת ניו קאסל ושפעת העופות- הגורמים לתמותת עופות המונית. במקרי מגיפות לא ניתן לשנע את פגרי העופות לאתרים מוסדרים, שכן עצם העברת העופות עלולה לגרום להתפשטות המחלה. לכן נקבעו מראש, בשיתוף המשרד להגנת הסביבה ובעלי הלולים, אתרים המיועדים להטמנת פגרי עופות בקרבת הלולים, במקומות בהן הסכנה לזיהום מקורות מים היא מזערית. נקבע מפרט להטמנת העופות, הכולל איטום קרקעית הבור ביריעת פוליאתילן וכיסוי בשכבות סיד. הטמנת העופות נעשית בפיקוח מנהלת הכינרת בנוסף לפיקוח השירותים הוטרינריים.
חומרי הדברה ודישון
דישון והדברה מתבצעים בשני אופנים- ריסוס מהאוויר, וריסוס קרקעי. ישנן תקנות בחוק המים האוסרות על ריסוס בקרבת מקורות מים, וכן מגדירות את הטיפול בשאריות חומרי הדישון וההדברה- כל זאת בכדי למנוע זיהום מקורות המים בחומרים כימיים מסוכנים. כמו כן נדרש מעקב אחר שטיפת המרססים – פעולה העלולה לגרום אף היא לזיהום הקרקע ומקורות המים.