טיפול בשפכים
השפכים הם גורם הזיהום הכבד ביותר באגן הכינרת. בתחומי אגן היקוות הכינרת הנמצא בגבולות הארץ (כ- 2070 קמ"ר) מופקים כ- 20 מלמ"ק שפכים בשנה. רובם המכריע של מרכזי האוכלוסייה מחוברים למט"שים (מתקני טיפול בשפכים) ע"י מערכות הולכת שפכים מסודרות. קיימת מגמה של מעבר ממתקני טיפול מקומיים למתקני טיפול אזוריים בשפכים- מט"שים גדולים המטפלים בשפכים ברמה גבוהה יותר וביעילות רבה יותר, ומאפשרים את ניצול הקולחים המושבים לחקלאות. במקרים מיוחדים (ומועטים) בהם אין ביקוש לקולחים המושבים מתבצעת המטרת סרק, שמטרתה השקיית שטחי מרעה, ללא יצירת נגר עילי העלול לזרום בנחלים ולהגיע לכינרת. במידה ואיכות הקולחים להשקיה אינה עומדת בתקן נאסר השימוש בהם מחשש לזיהום הקרקע.
הולכת שפכים
חדירת מי גשם אל מערכות הולכת שפכים היא, ככל הנראה, "מחלה" כלל ארצית. גורמיה הם: מערכות ביוב לא אטומות וחיבורים בין מערכות הניקוז ומערכות הביוב. מי תהום גבוהים חודרים אל צנרת הביוב דרך החיבורים שבין קטעי הצנרת ו/או דרך החיבורים שבין הצנרת לשוחות הבקרה ו/או מדופן שוחות הבקרה ו/או ממכסי שוחות הבקרה ו/או מדפנות מבני תחנות שאיבה ובורות רקב.
מרזבי גגות של מבנים, המפריעים לעיתים לסביבה בעת פעולתם, מחוברים אל שוחת הביוב הקרובה. סתימות חוזרות ונשנות במערכות ניקוז עירוניות בכבישים הגורמות להצפות נפתרות
לעיתים על ידי יצירת חיבור אל מערכת הביוב שעוברת בסמוך, ועוד כהנה וכהנה. התוצאה : זרימת "נוזלים" במערכות הביוב בספיקות הגבוהות בהרבה מכושר ההולכה של המערכות , גלישה ממכסי שוחות הבקרה (מכסים "רוקדים") בגלל כושר ההולכה המוגבל של הצנרת, גלישה מתחנות שאיבה, שאינן מתוכננות לעומסים כה גבוהים. חיבור של מערכת ניקוז אל מערכת הביוב מחדיר גם כמויות גדולות של מוצקים אל מערכות הביוב וגורם לסתימות ולגלישות.
נוסף לכל אלה ישנם כשלים במערכות הולכת שפכים כתוצאה מרוויית יתר של הקרקע שמעל הצנרת (מי גשם) והפעלת עומס נקודתי בנקודות "חלשות", שגורם לשברים בצנרת ההולכה. לדוגמה : בקריית שמונה מגיעה ספיקת השפכים במערכת הביוב העירונית במי גשם עד פי חמישה מהממוצע היומי, בטבריה ובחצור הגלילית – עד פי שלושה. במצב זה מגיעות גם כמויות גדולות של שפכים אל מתקני הטיפול בשפכים ואל מאגרי הקולחים. שפכים שעברו "בשלום" את מערכות ההולכה ללא גלישה, גולשים ממתקני הטיפול ו/או ממאגרי הקולחים.