רשות הניקוז פועלת מתוקף חוק הניקוז וההגנה מפני שטפונות התשי"ח 1957. חוק הניקוז נועד להסדיר את הטיפול בנגר העילי המביא לשטפונות ולסחף קרקע. מקומו של חוק זה במסכת חוקי המים של מדינת ישראל, אשר באו ליצור מסגרת לטיפול במים על כל היבטיהם: הפקה, אספקה, איסוף, טיהור והשבחה.
אגף ניקוז ונחלים ברשות הניקוז אחראי על הניקוז התקין ומניעת נזקי שטפונות, שמירה על עורקי הניקוז, ייעוץ ואישור תכניות בניין ערים מטעם ראש רשות המים ושר החקלאות על בסיס חוק הניקוז וההגנה מפני שטפונות. כן אחראי על שמירת הנוף והטבע לאורך הנחלים כמו גם קביעת תוואי לנחלים שבתחומה.
העבודה מתבצעת בייזום תהליכים ופרויקטים חדשים ותחזוקה של ערוצי ניקוז קיימים. תחזוקת ערוצי הניקוז, התעלות והנחלים מאופיינת במספר מישורים:
תחזוקה משמרת– תחזוקה זו מבוצעת במחזוריות שנתית קבועה. מטרתה להבטיח כי כושר ההולכה של התעלה ישמר על פי כושר ההולכה המתוכנן. העבודות המאפיינות חלק זה הן: עבודות עפר בניקוי תעלות מסחף, כיסוח התעלות, גיזום והרמת נוף, ריסוס.
תחזוקת שבר– תחזוקה זו מתבצעת על פי הערכת מצב בתום החורף. מטרתה לשקם מערכות שקרסו עקב זרימות חריגות בחורף או ב"תאונת שרשרת". העבודות המאפיינות חלק זה הן: תיקון תעלות וסוללות שקרסו, שיקום והחלפת מעבירי מים, דיפון תעלות באבן עם או בלי בטון, תיקון ושיפוץ דרכי מצעים.
שיפור מתמיד– פעולות אלה ייעודן לשפר את בטיחות המערכת הן בהיבט הניקוזי, כלומר, להבטיח כי את החורף הבא נקבל במצב טוב יותר מאשר את החורף הקודם והן בהיבט הפיזי של התשתיות. העבודות המאפיינות פעולות אלה הן: ביצוע כנפיים מבטון למעבירי מים קיימים, ביצוע מעבירים איריים בחציית תעלות, הסדרת דרכי תחזוקה לאורך נחלים ותעלות.