עמק החולה נמצא בצפון בקע ים המלח שבתוך השקע הסורי-אפריקני והוא גובל בחרמון מצפון, בגולן ממזרח, ברכס הרי נפתלי במערב וברמת כורזים מדרום. רום העמק כ- 65 מ' מעל לפני הים ושטחו כ 117 קמ"ר. התרוממותה של רמת כורזים הבזלתית לפני כמיליון שנים יצרה את "פקק הבזלת" בדרומו של עמק החולה, מחסום שגרם להיווצרותם של אגם וביצות החולה. שטח אגם החולה היה כ- 13 קמ"ר ועומקו המרבי 4 מ' בעוד ששטח הביצות שמצפון לו נע בין 47 קמ"ר בחורף ל- 8 קמ"ר בקיץ. הצומח העיקרי בביצות החולה היה גומא הפפירוס אשר הווה מרכיב עיקרי ביצירת קרקע הכבול בחולה.
מפעל ייבוש החולה החל בשנת 1951 והסתיים בשנת 1958. מטרות ייבוש החולה היו:
- ניצול הקרקע המיובשת לחקלאות;
- מיגור המלריה
- חיסכון במים המתאדים.
במסגרת מפעל הייבוש הועמק והורחב אפיק הירדן באזור ה"פקק" ומי הירדן הופנו לתעלות ניקוז עיקריות (המערבית והמזרחית) המקיפות את עמק החולה ונפגשות במקום שהיה מרכז האגם ההיסטורי. עלות מפעל ייבוש החולה היתה כ- 22 מליון דולר. אבל, כבר בשנות ה-70 התברר כי קרקע הכבול החשופה מהווה מקור לבעיות כגון: שריפות פנימיות, שקיעה וסחף רוח אשר הביאו לירידה באיכותן החקלאית של הקרקעות. והדבר החמור ביותר, פירוקו המהיר של הכבול גרם לשטיפת תרכובות חנקן וזרחן לכינרת אשר השפיעו לרעה על המערכת האקולוגית של האגם ועל איכות המים. התברר, כי ייצוב של קרקעות הכבול מתאפשר רק ע"י שליטה במפלס מי התהום ורק ייצוב כזה יאפשר את המשך ניצול הקרקעות לחקלאות וימנע את זיהום הכינרת.
בתחילת שנות ה-90 החל תכנונו של "פרויקט החולה" אשר נועד לפתור בעיות אלו. חלופת התכנון שנבחרה לבצוע שילבה בין חקלאות, תיירות וטיפוח ערכי טבע ונוף וכללה את המרכיבים הבאים:
- שיקום קרקעות חקלאיות, אשר סבלו מתהליכי פרוק מואץ, שקיעה ושריפה, על ידי יצירת גוף מים מלאכותי קטן בשטח של כ-1100 דונם ("אֲגַמּוֹן"), שינקז שטחים נרחבים מסביב לו.
- שליטה על רמת הנוטריאנטים הנשטפים מהכבול לכינרת ויצירת אפשרות לנתק את מערכת ניקוז הכבול מהכינרת.
- שימוש תיירותי מוגבל בגוף המים הביצתי החדש, שישמש תחליף הכנסה לבעלי השטחים שהוצפו. ביצוע וניהול הפרויקט נעשה ע"י הקק"ל. הוקמה הנהלה ציבורית רחבה הכוללת את כל השותפים בפרויקט. ממון הפרויקט שעלותו הסתכמה בכ- 80 מלש"ח נעשה ע"י שלושה גופים עיקריים: הקק"ל, נציבות המים ומינהל מקרקעי ישראל בחלקים שווים. ביצוע הפרויקט החל ב- 1993 וכלל חפירת האגמון, חפירת כ- 90 ק"מ של תעלות ניקוז בשטחי הכבול, חפירת ערוץ הירדן ההיסטורי אליו מוטים מי ירדן מסכר כפר בלום, בניית מתקנים לשמירת מפלס מי תהום, הקמת מאגר וויסות (מאגר הקצה) והקמת תחנת שאיבה גדולה להעברת מי הכבול למאגר עינן. על מנת למנוע תנועת מי תהום דרומה נחפר והוכנס מדרום לאגמון מחסום חרסית (חציץ) בעומק 4-5 מ'. לשם אטימה ננעץ החציץ בכבול עד לשכבת החוואר שמתחתיו מהתעלה המזרחית ועד ק"מ אחד ממזרח לתעלה המערבית. ב-אפריל, 1994 החלה הצפת הכבול.
עד סוף 1998 הועברו מי הכבול לכינרת, ובינואר 1999 הופעלה מערכת השאיבה במאגר הוויסות והחל למעשה ניתוק ניקוז הכבול מהכינרת. פרויקט החולה הושלם לאחר שהושלמו פעולות נוספות:
- הנחת צינור תת-קרקעי בקוטר 1 מ' (המובל המערבי) הקולט את קולחי קריית שמונה, קולחי יישובי צפון עמק החולה ושפכי בריכות הדגים ומעביר אותם למאגר הקצה , וממנו למאגר עינן.
- ניקוי התעלה המערבית מהבוצה ששקעה בה במשך השנים והפיכתה לתעלת מים שפירים.
- חפירת תעלת הביטחון מעין גונן לאורך מעיינות הדופן עד לירדן מצפון לגשר הפקק. תעלה זו מפרידה בין מי המעיינות הנקיים המובלים אל הירדן לבין מי הכבול המובלים אל האגמון. בימים אלה הוגשה בקשה לארגון "אונסקו" של האו"ם להכיר בפרויקט כאתר מורשת עולמי בעיקר בגלל היותו תחנת מעבר ייחודית במסלול נדידת העופות כתוצאה מהקמת הפרויקט.
קיומו של הפרויקט לאורך זמן מחייב מערך של תפעול, תחזוקה וניטור. מערך כזה הוקם ב-1997 ומאז ועד היום פועל בהצלחה רבה. גופים רבים מעורבים במערך זה: נציבות המים, הקק"ל, רשות ניקוז כינרת, מפעלי מים וניקוז גליל עליון, יח' גליל של חב' "מקורות", רט"ג, מיג"ל,דייגי מאגר עינן וחקלאי עמק החולה. ניהול המערך מתבצע ע"י צוות תפעול משולב המתווה את תוכנית התפעול ומאזן בין האינטרסים השונים של השותפים בפרויקט, כאשר מניעת זיהום הכינרת מהווה אינטרס עיקרי. עלות עבודות התחזוקה השנתית של הפרויקט מסתכמות ב- 1.65 מלש"ח לשנה. ממון התחזוקה נעשה ע"י נציבות המים (57% ), הקק"ל (33% ) והחקלאים (10%). בצוע העבודות ע"י הקק"ל בפקוח רשות ניקוז כינרת.
רשות ניקוז ונחלים כינרת אחראית על ניהול ממשק המים בפרויקט החולה מתוקף תכנית המתאר המקומית חלקות אדמות החולה מס"ג/8923 התקפה.
פרויקט החולה מהווה דוגמא לפיתוח סביבה ברת-קיימא המשלבת ומאזנת אינטרסים מקומיים שונים עם אינטרסים ממלכתיים. ניהול מושכל של המערכת מאפשר תפעול מיטבי ושמירה על המטרות העיקריות של הפרויקט: מניעת זיהום הכינרת, שיקום קרקעות חקלאיות והקמת אתר תיירות אקולוגית.