הבסיס למארג המזון בכינרת הוא פיטופלנקטון (צומח זעיר), הכולל בעיקר אצות. בכינרת הוגדרו יותר מ-200 מינים של אצות והן שמייצרות חומר אורגני שממנו ניזון עולם החי של האגם. בכינרת חיים בהמוניהם בעלי חיים זעירים, שגודלם אינו עולה על 4 מ"מ והם שמשמשים מזון ליצורים גדולים יותר.
שחפים מעל הכינרת, צילום:דניאל וקנין
בכינרת חיים לפחות 27 מיני דגים ובהם לבנון הכינרת – מין אנדמי (בלעדי) לאגן הניקוז של הכינרת. הדג, המוכר גם בכינוי "כסרדין הכינרת" מגיע לאורך עד כ-20 ס"מ. הוא ניזון מפלנקטון ולכן בעל חשיבות לוויסות אוכלוסיות האצות באגם. דג נדיר נוסף הוא טברנון כנרתן, שחי רק באגן הניקוז של הכינרת ובמקווי מים בסוריה. מוכרים מאוד אמנון הגליל ואמנון הירדן (בערבית – "מושט"), דגי מאכל שניצודים בכינרת.
מגוון החרקים ופרוקי הרגליים בכינרת הוא גדול. נפוץ מאוד הוא סרטן הנחלים, בעל הצבתות החזקות. בעין נור שבטבחה חי סרטן עיוור קטן, שנמצא רק כאן ולא בשום מקום אחר בעולם. מקבוצת הדו-חיים נפוצים מאוד צפרדע הנחלים, אילנית ומצויה וקרפדה ירוקה.
כחלק מבקע ים המלח, גם בשמי הכינרת חולפים בכל עונת נדידה מאות מיליוני עופות. הכינרת וגופי המים מתמלאים בעשרות מיני עופות מים, שחלקם מבלה באגם כמה חודשים. בולטים במיוחד קורמורן גדול, המקנן בלהקות גדולות בצמרות עצי אקליפטוס וצובע אותם בלבן בהפרשותיו. כמוהו עושה גם קרוב משפחתו – הקורמורן הגמדי. שני עופות אלה הם דייגים מעולים.
בחורף נפוצים גם מינים השוחים במים ובהם טבלנים וצוללים למיניהם. מעל למים מפרפר הפרפור העקוד וצולל במהירות כדי לשלוף דג. ציידים זריזים הם גם העופות הצבעוניים שלדגון ושלדג לבן חזה. בשפכי הנחלים ובערוצי הנחלים היבשים נפוצים כמה מינים של עטלפים הניזונים מהחרקים הרבים שמציעים בתי גידול אלה.
בקעת בית צידה היא אחד מאזורי הקינון החשובים בישראל למינים רבים של עופות ביצה וסבך. בין השאר מקנן כאן הפרנקולין, ציפור קרקע נדירה מאוד בישראל. מצוקי הגולן שצמודים לכינרת חשובים במיוחד להמשך שימור הנשרים ודורסים אחרים בנוף הכינרת ובינהם גם עיט נצי. לחופי הכינרת מגוון גדול של ציפורי שיר ובאבני החול של עין גב מקננים שרקרק מצוי, כחל ודורסי לילה למיניהם.
חתול ביצות בחוף הכינרת, צילום:איל ברטוב
בריכות הדגים הנטושות של קיבוץ האון הן אתר "תדלוק" חשוב לציפורי שיר בנדידתן. הר ארבל עשיר מאוד בציפורי שיר ובהן נדירות כגון פיפיון הרים. במדרונות הדרומיים של רמת כורזים, הנושקים לכינרת, יש שטחי בתה נרחבים של סלעי בזלת. זהו אזור ייחודי בישראל המשמש בית גידול למינים נדירים ובהם בז אדום.
קורמרן גדול, צילום: איל ברטוב
שפן סלע, צילום:דניאל וקנין
היונקים הגדולים, מטבע הדברים, אינם חיים רק בחופי הכינרת, אלא נעים במגוון בתי הגידול שבסביבתה – שפכי נחלים זורמים, ערוצי נחלים יבשים, מדרונות ומצוקים, רמות בזלת, שטחים מעובדים ואף יישובים. במים ובגדות חיה הנוטרייה, מין מכרסם גדול שהובא לארץ כדי לנצל את פרוותו, אך מצא את דרכו לטבע ו"התאזרח" בארץ. עם היונקים הגדולים החיים אזור הכינרת נמנים חזיר-בר, צבוע, זאב, תן, צבי ארצישראלי, חתול ביצות ושועל מצוי. יונקים קטנים יותר שחיים בכינרת ובסביבתה הם דרבן, שפן סלע, סמור, גירית מצויה, ארנבת מצויה וקיפוד מצוי.