אחד מהתוצרים המרכזיים של תכנית האב הוא סקר סיכונים אשר מסמן את הנקודות הבעייתיות ומתאר את הנזקים הצפויים להגרם מהם. הסקר נותן באופן כללי יחסי עלות-תועלת לפתרון בעיות וכן סדרי עדיפויות לביצוע הפרויקטים השונים. הסקר ישמש בסיס לעריכת פיילוט בנושא ניהול סיכונים בשיתוף עם משרד החקלאות. לצורך עריכת פיילוט לתוכנית ניהול סיכונים באגן הכינרת נבחר אגן בעל גודל של כ- 80 קמ"ר המשתרע לחופה המערבי של הכנרת, האגן כולל מס' תתי אגנים בעלי השפעה וסיכון על שטחי מגורים ושטחים חקלאיים, כמו אגן נחל ארבל, נחל רקת, תעלת ברניקי ואגן נחלי רכס פוריה.