אם נתעלם מהאצות הצומחות במי הכינרת, ניאלץ להודות שבכינרת, יחסית לאגמים אחרים בעולם, מצומצמת כמות הצמחייה שטבולה כולה במים. בגלל החופים התלולים והגלים אין הצמחים מתפתחים היטב. חופים רדודים ומוגנים מגלים נמצאים בדרום הכינרת ועל כן שם מתפתחות אוכלוסיות של אלף עלה משובל, ששורשיו חובבי קרקע בוצית.
קנה מצוי, צילום: דניאל וקניןצמחיית החופים התנודות במפלס הכינרת מקשות על התפתחות הצמחייה הטבעית בחופי האגם. בחופים מצליחים לשגשג צמחים שיודעים להשתלט במהירות על שטחים שנחשפים לאוויר העולם ומסוגלים לחיות, לפחות תקופה מסוימת, כשחלקים מגופם מכוסה מים. הצמח הבולט ביותר הוא אשל הירדן, היוצר סבך צפוף בחופי הכינרת. עץ נוסף, המלווה את סבכי האשל הוא ערבה מחודדת. הערבה אינה נפגעת כלל מעליית מפלס פני המים והיא משמשת משכן לעופות מים רבים.
צמחים בולטים אחרים הם קנה מצוי ועבקנה שכיח, שיוצרים סבכים הקרויים "חישות קנים". בזכות קני השורש שלהם, המצמיחים כל העת גבעולים חדשים, משתלטים שני מינים אלה על שטחים נרחבים מהחופים. לחישות הקנים ולסבך הצמחייה שנמצאים במי הכינרת נודעת חשיבות אקולוגית, שכן הם מעניקים מסתור לדגים ברבייה.
אשל הירדן, צילום: דניאל וקניןמינים נוספים שנמצאים בקו המים, או קרוב אליו הם סמר חד, סוף צר-עלים שנית גדולה וערברבה שעירה. במרחק מה מהמים נפוץ שיח אברהם קיפח (דומה מאוד לשיח אברהם מצוי).
שמורת בית ציידה (בטיחה), צילום: דניאל וקנין
פטל קדוש, צילום: דניאל וקנין
הצמחייה בבקעת בית צידה
שביל סובב כינרת חוצה את בקעת בית צידה (בטייחה), שנמצאת בצפון-מזרח הכינרת. בלגונות ובפלגים הוכרזה שמורת נופי המים המתוקים הגדולה בישראל, המשתרעת על כ-5,000 דונם. השטח שמחוץ לפלגים מעובד כולו במטעים ובגידולי שדה.
בפלגים היבשים שולט שיח אברהם קיפח. בפלגים הזורמים כל השנה צומח סבך של שיחים ועצים נמוכים, שבו שולטים העצים ערבה מחודדת ומילה סורית, השיחים הרדוף הנחלים ופטל קדוש וכמובן – קנה מצוי ועבקנה שכיח. אליהם מצטרפים מינים רבים צמחי גדות נחלים ובהם נענה משובלת, שנית גדולה והמטפסים חנק מחודד ולוביה מצרית.
בלגונות צומחים צמחים שגופם טבול כולו במים ובהם אלף עלה משובל ונהרונית צפה. פה ושם אפשר לראות את הצמח עדשת המים הזעירה, צמח שצף חופשית על פני הים וכל גודלו כשני מ"מ. בשולי הלגונות מתפתח אחו שאין שני לו בארץ ובו מינים רבים של דגניים ומיני גומא.