מפעלי התעשייה באגן הכינרת מרוכזים ברובם באיזורי תעשייה הצמודים לערים. מפעלים אלה עלולים לזהם את הסביבה באמצעות השפכים והתשטיפים הנוצרים במפעל ו/או ע"י חומרים מסוכנים המשמשים בתהליך הייצור במפעל. המפעלים הגדולים באגן הכינרת הם בעיקר מפעלי מזון. אולם קיימים גם מפעלי מתכות, טכסטיל, בטון ועוד.
