ממשק הדיג בכינרת מכוון לשמירת יציבות מארג המזון בכינרת. לדג אמנון הגליל חשיבות רבה בשמירה על איכות מי הכינרת- לדג זה יש יכולת יעילה לניצול האצה הפלנקטונית פרידיניום ואצות נוספות כמקור מזון מחד, והוא אינו טורף יעיל כמו אחרים של זואופלנקטון מאידך. בשתי תכונות אלו מסייע אמנון הגליל לניצול הפרידיניום ואצות נוספות, שאלמלא נאכלה היתה מתפרקת ויוצרת חומר אורגני לא מנוצל אשר ירע את איכות המים באגם.
בכדי להגדיל את אוכלוסיית אמנון הגליל ננקטות שלוש פעולות עיקריות:
- מניעת דייג בלגונות בית ציידה בשיא עונת הרבייה.
- אכלוס בדגיגים מבריכות אכלוס.
- פיקוח על גודל עין הרשתות, למניעת דיג של פרטים קטנים מדי.
כמו כן, מבוצע דיג יזום של סרדינים- דג הניזון בעיקר מזואופלנקטון (הזואופלנקטון ניזון מאצות, ירידה בכמות הזואופלנקטון מעלה לכן את כמות האצות).
קיימת גם בקרה על איכלוס מינים חדשים של דגים באגן היקוות הכינרת במסגרת ועדת האינטרודוקציה שבראשות אגף הדייג של משרד החקלאות.
