לפעילות האנושית שלאורך חופי הכינרת יש השפעה קרובה ומיידית על הכינרת. השימושים השונים של חופי הכינרת הינם חופי רחצה, תיירות מסחרית (בתי מלון, בתי הארחה, מסעדות וכדו') ,שרותי שייט (מעגנות, מזחים וכדו'), ספורט ימי, חניונים לנופש חופי, טיילת חוף, חניוני סירות, מתקנים הנדסיים, מוסדות ציבור, מוסדות דת, אתרים ארכיאולוגיים, חקלאות ומגורים.
כל אחד מהשימושים הנ"ל עלול לגרום לזיהום המים.
מספר רב של גורמים ממלכתיים מעורבים בדרך זו או אחרת במתרחש בחופי הכינרת. חוסר התאום בין כל הגורמים תרם למצב הלקוי בו התנהלו החופים. בין הגורמים הללו נמנים 5 רשויות מקומיות, ועדות תכנון בניה מקומיות, מחוזית ומועצה ארצית, משרד הפנים, ממ"י, משרד הבריאות, המשרד להגנת הסביבה, משרד התחבורה, משרד התשתיות הלאומיות (נציבות המים), משרד החקלאות, משטרת ישראל (שיטור ימי), "מקורות", רשות ניקוז כינרת, רשות העתיקות, רשות הטבע והגנים וכן בעלי ענין ומשתמשים שונים.
הפיצול וריבוי הסמכויות והתפקידים לא איפשרו ניהול מיטבי בראייה לאומית כוללת.
כיום פועלת מערכת ניהולית חדשה לניהול חופי הכינרת. מערכת ניהולית משותפת לכל הגופים המעורבים בניהול הכינרת. מערכת זו כוללת גוף ניהולי מרכזי מצומצם אשר עוסק ביישום מדיניות אחידה לניהול החופים, ביצירת תאום מירבי בין הגורמים השונים בתחומי התכנון והבניה, התיירות, שמירת איכות המים ומניעת זיהום, שמירת איכות הסביבה, בריאות הציבור וכדו'.
בשנת 2008 הוקם איגוד ערים כינרת כגוף ניהולי העוסק ביישום מדיניות אחידה לניהול החופים ע"פ החוק להסדרת הטיפול בחופי הכינרת- 2008.
רשות ניקוז ונחלים כינרת מהווה זרוע הביצוע של איגוד ערים כינרת ע"פ החוק הנ"ל והיא שמה לה למטרה ליצור תיאום מירבי בין הגורמים השונים בתחומי התכנון והבניה, התיירות, הפיקוח, שמירת איכות המים והסביבה, בריאו הציבור ועוד, על מנת לשנות את המציאות בחופי הכינרת.
