הכינרת היא מהאתרים המקודשים ביותר לנצרות. ביקור במקומות שבהם פעל ישו, התרשמות מהנופים הפסטורליים שראה במו עיניו ושיט באגם הם רגעי שיא והתעלות הנפש של הצליין המבקר בארץ הקודש.
כנסיית 12 השליחים, צילום: דניאל וקניןכאן, בכפרי היהודים שבכינרת ולא בעיר הולדתו נצרת מצא ישו את תלמידיו הראשונים, שהיו לשליחיו ולממשיכי דרכו. בין סירות הדייגים חולל ניסים, שרישומם נחקק היטב בתודעה הנוצרית. מעולם הטבע של הכינרת שאב ישו רבים מהמשלים והאמרות שבהן משך את לב ההמונים. במקומות שישו פעל בהם הוקמו כנסיות כבר בתקופה הביזנטית. הכנסיות בנות ימינו, המנציחות את האירועים הנזכרים בברית החדשה, משמרות את שרידי העתיקות ומקפידות ליצור אווירה של שלווה ופשטות. עם האתרים החשובים לנצרות ניתן למנות את האתר ירדנית בדרום הכינרת המסמל את הטבלתו של ישוע ע"י יוחנן המטביל בירדן. האתר מגדלא שבמערב הכינרת הוא עירה של מרים המגדלית, האישה שגילתה ראשונה את ישו הקם לתחייה. החפירות שבמקום חשפו שרידי בית כנסת שפעל כנראה כבר בימי בית המקדש השני. עם זאת, עיקר פעילותו של ישו התחוללה בבקעת טבח'ה (בקעת עין שבע, הפטפגון). כנסיית הבכורה של פטרוס, שנמצאת בבקעה, היא על פי המסורת הנוצרית המקום שבו ציווה ישו על שמעון פטרוס: "רעה את צאני". הכנסייה בת ימינו, כקודמותיה, מדגישה מחשוף סלע שהתקדש כשולחן שעליו אכלו תלמידי ישו לאחר שהתגלה להם. כנסייה חשובה אחרת שנמצאת בעמק מוקדשת לנס ריבוי הלחם והדגים, המופיע בגרסאות שונות בברית החדשה ולפיהן ישו האכיל אלפי אנשים בכמה כיכרות לחם ובכמה דגים. בכנסייה משולב פסיפס מרהיב עין מהתקופה הביזנטית, המתאר את נופי החי והצומח בכינרת ובנילוס. על פי אחת הגרסאות, הנס התרחש בבית צידה. שרידים של יישוב מהתקופה הרומית התגלו לאחרונה (2017) ממזרח לגשר אריק וייתכן שאלה הם שרידי בית צידה הרומית. אתר חשוב במיוחד הוא כפר נחום, שבו על פי המסורת הנוצרית התגוררו חמישה משליחיו של ישו ובהם שמעון פטרוס. בית הכנסת שבמקום ושרידי המבנה המזוהה כביתו של פטרוס הם אתרים חשובים מאוד לעולי הרגל. במזרחה של הכינרת נמצאים שרידי המנזר הגדול בכורסי, המנציח את "נס החזירים" ולפיו שחרר ישו רוחות טומאה מאדם והעבירם לעדר חזירים שהסתערו על הים וטבעו.
